Parce que sa Recherche et Développement (R&D) est organisée de manière performante, le secteur pharmaceutique de Johnson & Johnson bénéficie d'un plan de développement unique. En 2008, le groupe a investi 5,1 milliards de dollars en R&D, avec un effectif de 9 000 personnes – principalement installées aux Etats-Unis et en Europe – et avec des activités croissantes dans les pays émergents comme l'Inde et la Chine.
Neurologie, psychiatrie, douleur, hématologie, infectiologie, maladies inflammatoires auto-immunes : les attentes thérapeutiques sont nombreuses et les enjeux de santé publique majeurs. Afin de mieux répondre à ces besoins, J&J a réorganisé, en 2007, sa recherche par axes thérapeutiques : Central Nervous System (CNS), Internal Medicine (IM), Biologic, et virologie, pour la recherche en amont. Ces axes s'appuient sur des organisations de développement global telles GCO (Global Clinical Operations), PCD (PreClinical Development) et CPD (Chemical Pharmaceutical Development).
Quatre molécules issues de la recherche Johnson & Johnson – plus particulièrement de sa filiale Janssen Pharmaceutica dirigée par son fondateur, le Dr Paul Janssen – sont inscrites dans la liste des médicaments essentiels de l'Organisation mondiale de la santé (OMS) (classées par date de synthèse) :
- 1958 : halopéridol (psychiatrie)
- 1966 : levamisole (parasitologie)
- 1967 : miconazole (dermato/mycologie)
- 1968 : mebendazole (parasitologie)
